Real-Time RT-PCR Detection of Equine Coronavirus

Equine coronavirus (ECoV) is a recently identified equine virus, involved mainly in enteric infections. Since the ECoV discovery in 1999, only two real-time RT-PCRs have been developed for viral identification. In this chapter we describe a one-step real-time RT-PCR that has been routinely used in our laboratory for ECoV detection from fecal and respiratory samples. Copyright © Springer Science+Business Media New York 2016.

ECOVIR : mise en place d’une cohorte en soins primaires, un exemple de coopération pluri-professionnelle ville-hôpital ECOVIR: Study of a primary care cohort in of patients with Acute Respiratory Infections in Normandy, an example of pluri-professional hospital-primary care coordination

Comprendre et traiter les infections respiratoires aiguës (IRA) sont un enjeu majeur de santé publique, particulièrement en cette période de pandémie à SARS-CoV2. ECOVIR (Étude des co-détections virales dans les prélèvements respiratoires), est une étude prospective, multicentrique, en Normandie, sur deux saisons hivernales (2018–2019 et 2019–2020). L’objectif de ce projet était de créer une biothèque de prélèvements respiratoires à partir d’une cohorte de patients consultant leur médecin traitant pour des symptômes d’IRA, permettant d’étudier les co-détections virales. Trente-six médecins généralistes investigateurs (MGI), dans 8 maisons de santé normandes, ont participé à l’étude. Au total, 685 patients ont été inclus, présentant des symptômes d’IRA, et ont bénéficié d’un prélèvement nasopharyngé au cabinet médical par les MGI pour analyse virologique. Trente et un MGI/36 ont inclus des patients. La médiane d’inclusion était de 16 patients par MGI sur les 2 saisons (IC25–75 % [4,75 ;27]). De plus, 92 % des patients ont répondu à l’appel à j7, recueillant des données cliniques, environnementales, et sociodémographiques. Nous avons donc créé un vrai réseau, original, permettant d’assurer un lien entre la recherche et les soins primaires, peu représentés dans les protocoles de recherche mais qui sont la pierre angulaire de notre système de santé en France, comme nous le constatons actuellement avec la crise sanitaire.

[Virological diagnosis of lower respiratory tract infections]. / Diagnostic virologique des infections respiratoires basses.

INTRODUCTION: The etiological diagnosis of bronchopulmonary infections cannot be assessed with clinical, radiological and epidemiological data alone. Viruses have been demonstrated to cause a large proportion of these infections, both in children and adults. BACKGROUND: The diagnosis of viral bronchopulmonary infections is based on the analysis of secretions, collected from the lower respiratory tract when possible, by techniques that detect either influenza and respiratory syncytial viruses, or a large panel of viruses that can be responsible for respiratory disease. The latter, called multiplex PCR assays, allow a syndromic approach to respiratory infection. Their high cost for the laboratory raises the question of their place in the management of patients in terms of antibiotic economy and isolation. In the absence of clear recommendations, the strategy and equipment are very unevenly distributed in France. OUTLOOK: Medico-economic analyses need to be performed in France to evaluate the place of these tests in the management of patients. The evaluation of the role of the different viruses often detected in co-infection, especially in children, also deserves the attention of virologists and clinicians. CONCLUSIONS: The availability of new diagnostic technologies, the recent emergence of SARS-CoV-2, together with the availability of new antiviral drugs are likely to impact future recommendations for the management of viral bronchopulmonary infections.